Determinacija rastlinskih škodljivcev in bolezni

Opis predmeta

Detekcijske metode škodljivih organizmov. Diagnostične metode za določevanje vrstne pripadnosti fitopatogenih organizmov: tradicionalne tehnike (simptomatika, morfološko anatomske, selektivni mediji); biokemične tehnike (substratni metabolizem, profil maščobnih kislin, analiza proteinov, analiza nukleinskih kislin) tehnike, molekulska detekcija. Praktični prikaz izolacije in determinacije fitopatogenih gliv in virusov (različne tehnike) iz posameznih rastlinskih delov in substratov. Kochovi postulati v fitopatologiji – potrjevanje povzročitelja bolezni. Načini vzorčenja in hranjenja škodljivih organizmov (s poudarkom na žuželkah in ogorčicah) in mikrobov pred determinacijo (maceracija, dehidracija, koncentracija, RNA/DNA ekstrakcija…) in po njej (priprava preparatov…). Uporaba morfoloških determinacijskih ključev izbranih skupin škodljivih žuželk in fitoparazitskih ogorčic: opisni, opisno-slikovni, slikovni morfološki ključi. Telesni deli škodljivih organizmov (glav, oprsje, zadek idr.), pomembni za morfološko determinacijo. Genetski identifikacijski ključi škodljivih organizmov. Pravilna izbira posameznih diagnostičnih tehnik: prednosti in slabosti. Pomen detekcije in determinacije v preprečevanju širjenja karantenskih škodljivih organizmov.

Cilji in kompetence

Temeljni izobraževalni cilj je poglobitev znanja za samostojno delo na področju detekcije in morfološke ter molekulske determinacije izbranih skupin škodljivih žuželk, ogorčic, fitopatogenih gliv, virusov, bakterij in fitoplazem.

Metode poučevanja in učenja

Predavanja, seminarji, konzultacije, samostojno delo.

Predvideni študijski rezultati

Predviden študijski rezultat je kandidata usposobiti za detekcijo in determinacijo izbrane skupine ali skupin škodljivih organizmov,  z namenom uporabe omenjenih znanj v raziskovalnem ali aplikativnem delu.

Reference nosilca

TRDAN STANISLAV

TOMANOVIĆ, Željko, KOS, Katarina, PETROVIĆ, Andjeljko, STARÝ, Petr, KAVALLIERATOS, Nickolas, ŽIKIĆ, V., JAKŠE, Jernej, TRDAN, Stanislav, IVANOVIĆ, Ana. The relationship between molecular variation and variation in the wing shape of three aphid parasitoid species: Aphidius uzbekistanicus Luzhetzki, Aphidius rhopalosiphi De Stefani Perez and Aphidius avenaphis (Fitch) (Hymenoptera: Braconidae: Aphidiinae). Zool. Anz., 2013, vol. 252, no. 1, str. 41-47. [COBISS.SI-ID 7197049].

MEHLE, Nataša, TRDAN, Stanislav. Traditional and modern methods for the identification of thrips (Thysanoptera) species. Journal of pest science, 2012, vol. 85, no. 2, str. 179-190. [COBISS.SI-ID 7029369].

KOS, Katarina, PETROVIĆ-OBRADOVIĆ, Olivera, ŽIKIĆ, Vladimir, PETROVIĆ, Andjeljko, TRDAN, Stanislav, TOMANOVIĆ, Željko. Review of interactions between host plants, aphids, primary parasitoids and hyperparasitoids in vegetable and cereal ecosystems in Slovenia. Journal of the Entomological Research Society, 2012, vol. 14, no. 3, str. 67-78 [COBISS.SI-ID 7358585].

KOS, Katarina, TRDAN, Stanislav, PETROVIĆ, Andjeljko, STARÝ, Petr, KAVALLIERATOS, Nickolas, PETROVIĆ-OBRADOVIĆ, Olivera, TOMANOVIĆ, Željko. Aphidiinae (Hymenoptera, Braconidae, Aphidiinae) from Slovenia, with description of a new Aphidius species. Zootaxa (Print), 2012, no. 3456, str. 36-50 [COBISS.SI-ID 7227769].

KOS, Katarina, PETROVIĆ, Andjeljko, STARÝ, Petr, KAVALLIERATOS, Nickolas, IVANOVIĆ, Ana, TOŠEVSKI, Ivo, JAKŠE, Jernej, TRDAN, Stanislav, TOMANOVIĆ, Željko. On the identity of cereal aphid parasitoid wasps Aphidius uzbekistanicus, Aphidius rhopalosiphi, and Aphidius avenaphis (Hymenoptera: Braconidae: Aphidiinae) by examination of COI mitochondrial gene, geometric morphometrics, and morphology. Ann. Entomol. Soc. Am., 2011, vol. 104, no. 6, str. 1221-1232 [COBISS.SI-ID 6928761].

LAZNIK, Žiga, TÓTH, Tímea, LAKATOS, Tamás, VIDRIH, Matej, TRDAN, Stanislav. First record of Steinernema feltiae (Filipjev) (Rhabditida: Steinernematidae) in Slovenia. Helminthologia (Bratisl.), 2009, vol. 46, no. 2, str. 135-138 [COBISS.SI-ID 6013817].

RAVNIKAR MAJA

RUŠČIĆ, J., GUTIERREZ-AGUIRRE, Ion, URBAS, Lidija, KRAMBERGER, Petra, MEHLE, Nataša, ŠKORIĆ, Dijana, BARUT, Miloš, RAVNIKAR, Maja, KRAJAČIĆ, Mladen. A novel application of methacrylate based short monolithic columns: concentrating Potato spindle tuber viroid from water samples. J. chromatogr., A, 2013, vol. 1274, str. 129-136 [COBISS.SI-ID 2699855].

RUPAR, Matevž, KOGOVŠEK, Polona, POMPE NOVAK, Maruša, GUTIERREZ-AGUIRRE, Ion, DELAUNAY, Agnes, JACQUOT, Emmanuel, RAVNIKAR, Maja. Assessment of SNaPshot and single step RT-qPCR methods for discriminating Potato virus Y (PVY) subgroups. J. virol. methods. [Print ed.], 2013, vol. 189, issue 1, str. 93-100 [COBISS.SI-ID 2745423].

LENARČIČ, Rok, MORISSET, Dany, MEHLE, Nataša, RAVNIKAR, Maja. Fast real-time detection of Potato spindle tuber viroid by RT-LAMP. Plant Pathol., 2013, vol. 62, issue 5, str. 1147-1156 [COBISS.SI-ID 2683727].

DREO, Tanja, PIRC, Manca, RAVNIKAR, Maja. Real-time PCR, a method fit for detection and quantification of Erwinia amylovora. Trees (Berl. West), 2012, vol. 26, no. 1, str. 165-178 [COBISS.SI-ID 2522447].

ERJAVEC, Jana, KOS, Janko, RAVNIKAR, Maja, DREO, Tanja, SABOTIČ, Jerica. Proteins of higher fungi – from forest to application. Trends biotechnol. (Regul. ed.). [Print ed.], 2012, vol. 30, issue 5, str. 259-273 [COBISS.SI-ID 2504527].
 

MEHLE, Nataša, RAVNIKAR, Maja. Plant viruses in aqueous environment: survival, water mediated transmission and detection. Water res. (Oxford). [Print ed.], 2012, vol. 46, iss. 16, str. 4902-4917. [COBISS.SI-ID 2613327].

Temeljni viri in literatura

Arnett, R.H. 1999. American insects: a handbook of the insects of America north of Mexico. The Sandhill Crane Press, Gainesville: 850 str., ISBN 1-877743-19-4.

Fox, R.T.V. 1993. Principles of diagnostic techniques in plant pathology.  CAB International, Wallingford, 213 str., ISBN 0-85198-740-0.

Mound, L., Kibby, G. 1998. Thysanoptera: an identification guide. 2nd Edition. CAB International, Wallingford: 70 str., ISBN 0 85198 634 X.

Paterson, R.R.M., Bridge, P.D. 1994. Biochemical techniques for filamentous fungi. CAB International, Wallingford, 125 str., ISBN 0-85198-899-7.

Urek, G., Hržič, A. 1998. Ogorčice – nevidni zajedavci rastlin: fitonematologija. Ljubljana, samozaložba: 240 str., ISBN 961-6302-04-3.

in

revijalni članki s področja, tekoča periodika, druga učna gradiva…