Kvantitativna in statistična genetika

Opis predmeta

Predstavljene bodo metode genetskega spreminjanja populacij, napovedovanje in spremljanje učinkov le-teh tako na genetski nivo populacije kot spreminjanju strukture varianc in kovarianc. Predstavljeni bodo parametri, ki opisujejo starostno strukturo in obnovo populacije, in  njihov učinek na genetske spremembe. Aditivni in neaditivni genetski vplivi bodo pojasnjeni s podobnostjo med osebki. Proučeni bodo vplivi, ki spreminjajo podobnost med osebki, in podane molekularno genetske metode, ki omogočajo preveritev sorodstva. Predstavljen bo koncept in metode genetskega vrednotenja. Posebej bodo izpostavljene metode selekcijskega indeksa in mešanega modela in metode največje zanesljivosti. Predstavili bomo metode in tehnike preizkusov in zbiranja informacij (viri, načini, pomen). Pri uporabljenih metodah selekcije bomo poudarili tudi pomen strukture podatkov na točnost napovedi genetskih vrednosti. Obravnavane bodo tako fenotipske kot genetske informacije o metričnih lastnostih ter njihova uporaba pri selekciji. Pozornost bo usmerjena v naključne tokove genov v majhnih populacijah, vzdrževanje genetske raznovrstnosti in rekonstrukcijo ogroženih populacij. Obravnavane bodo tudi aktualne teme, kot so npr. naključna regresija, interakcija genotip-okolje, genomski pristopi. Podani bodo selekcijski programi za izboljšanje proizvodnih in predvsem novih lastnosti (robustnost, preživitvena sposobnost, dolgoživost, življenjska prireja, proizvodne funkcije).

Cilji in kompetence

Študent bo poglobil teoretična izhodišča genetskega vrednotenja živali, napovedovanja in spremljanja učinkov selekcije in drugih metod izboljšanja populacij. Spoznal se bo z metodami za proučevanje genetske strukture populacij. Pri tem bomo izpostavili genetske in statistične vidike.

Metode poučevanja in učenja

• Predavanja,
• računalniške vaje,
• projektna naloga,
• seminarske vaje.

Predvideni študijski rezultati

Predvidevamo, da bo študent  poglobil znanja iz kvantitativne in statistične genetike in bo usposobljen za načrtovanje raziskave in analiziranje podatkov predvsem za potrebe selekcije in uravnavanje reje.

Reference nosilca

Kovač Milena

FLISAR, Tina, MALOVRH, Špela, TERČIČ, Dušan, HOLCMAN, Antonija, KOVAČ, Milena. Thirty-four generations of divergent selection for 8-week body weight in chickens. Poultry science, ISSN 0032-5791, 2014, vol. 93, no. 1, str. 16-23, doi: 10.3382/ps.2013-03464. [COBISS.SI-ID 3333256], [JCR, SNIP]
kategorija: 1A1 (Z1, A', A1/2); uvrstitev: SCI, Scopus, MBP; tipologija ni verificirana
točke: 20.94, št. avtorjev: 5

JENKO, Janez, DUCROCQ, Vincent, KOVAČ, Milena. Comparison of piecewise Weibull baseline survival models for estimation of true and functional longevity in Brown cattle raised in small herds. Animal, ISSN 1751-7311, 2013, vol. 7, iss. 10, str. 1583-1591, doi: 10.1017/S1751731113001055. [COBISS.SI-ID 4220520], [JCR, SNIP, WoS do 30. 9. 2013: št. citatov (TC): 0, čistih citatov (CI): 0, čistih citatov na avtorja (CIAu): 0, normirano št. čistih citatov (NC): 0, Scopus do 16. 9. 2013: št. citatov (TC): 0, čistih citatov (CI): 0, čistih citatov na avtorja (CIAu): 0, normirano št. čistih citatov (NC): 0]
kategorija: 1A1 (Z1, A', A1/2); uvrstitev: SCI, Scopus, MBP; tipologijo je verificiral OSICB
točke: 36.36, št. avtorjev: 3

JEVŠINEK SKOK, Daša, GODNIČ, Irena, ZORC, Minja, HORVAT, Simon, DOVČ, Peter, KOVAČ, Milena, KUNEJ, Tanja. Genome-wide in silico screening for microRNA genetic variability in livestock species. Animal genetics, ISSN 0268-9146, 2013, vol. 44, no. 6, str. 669-677. http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/age.12072/pdf, doi: 10.1111/age.12072. [COBISS.SI-ID 3249544], [JCR, SNIP, WoS do 18. 11. 2013: št. citatov (TC): 0, čistih citatov (CI): 0, čistih citatov na avtorja (CIAu): 0, normirano št. čistih citatov (NC): 0, Scopus do 16. 11. 2013: št. citatov (TC): 1, čistih citatov (CI): 1, čistih citatov na avtorja (CIAu): 0.14, normirano št. čistih citatov (NC): 1]
kategorija: 1A1 (Z1, A'', A', A1/2); uvrstitev: SCI, Scopus, MBP; tipologijo je verificiral OSICB
točke: 20, št. avtorjev: 7

KOMPREJ, Andreja, MALOVRH, Špela, GORJANC, Gregor, KOMPAN, Drago, KOVAČ, Milena. Genetic and environmental parameters estimation for milk traits in Slovenian dairy sheep using random regression model. Czech Journal of Animal Science, ISSN 1212-1819, 2013, vol. 58, no. 3, str. 125-135. [COBISS.SI-ID 3211656], [JCR, SNIP, Scopus do 9. 7. 2013: št. citatov (TC): 0, čistih citatov (CI): 0, čistih citatov na avtorja (CIAu): 0, normirano št. čistih citatov (NC): 0]
kategorija: 1A2 (Z1, A1/2); uvrstitev: SCI, Scopus, MBP; tipologijo je verificiral OSICB
točke: 17.14, št. avtorjev: 5

JENKO, Janez, GORJANC, Gregor, KOVAČ, Milena, DUCROCQ, Vincent. Comparision between sire-maternal grandsire and animal models for genetic evaluation of longevity in a dairy cattle population with small herds. Journal of dairy science, ISSN 0022-0302, 2013, vol. 96, str. 8002-8013, doi: 10.3168/jds.2013-6830. [COBISS.SI-ID 4337000], [JCR, SNIP, WoS do 16. 12. 2013: št. citatov (TC): 0, čistih citatov (CI): 0, čistih citatov na avtorja (CIAu): 0, normirano št. čistih citatov (NC): 0, Scopus do 28. 10. 2013: št. citatov (TC): 0, čistih citatov (CI): 0, čistih citatov na avtorja (CIAu): 0, normirano št. čistih citatov (NC): 0]
kategorija: 1A1 (Z1, A', A1/2); uvrstitev: SCI, Scopus, MBP; tipologijo je verificiral OSICB
točke: 34.84, št. avtorjev: 4

GODNIČ, Irena, ZORC, Minja, JEVŠINEK SKOK, Daša, CALIN, George Adrian, HORVAT, Simon, DOVČ, Peter, KOVAČ, Milena, KUNEJ, Tanja. Genome-wide and species-wide in silico screening for intragenic microRNAs in human, mouse and chicken. PloS one, ISSN 1932-6203, 2013, vol. 8, no. 6, str. 1-14, e-65165. http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0065165, doi: 10.1371/journal.pone.0065165. [COBISS.SI-ID 3234696], [JCR, SNIP, WoS do 16. 9. 2013: št. citatov (TC): 0, čistih citatov (CI): 0, čistih citatov na avtorja (CIAu): 0, normirano št. čistih citatov (NC): 0, Scopus do 20. 11. 2013: št. citatov (TC): 3, čistih citatov (CI): 2, čistih citatov na avtorja (CIAu): 0.25, normirano št. čistih citatov (NC): 1]
kategorija: 1A1 (Z1, A', A1/2); uvrstitev: SCI, Scopus, MBP; tipologijo je verificiral OSICB
točke: 21.2, št. avtorjev: 8

KOMPREJ, Andreja, GORJANC, Gregor, KOMPAN, Drago, KOVAČ, Milena. Lactation curves for milk yield, fat, and protein content in Slovenian dairy sheep. Czech Journal of Animal Science, ISSN 1212-1819, 2012, vol. 57, no. 5, str. 231-239. [COBISS.SI-ID 3053448], [JCR, SNIP, WoS do 7. 8. 2013: št. citatov (TC): 2, čistih citatov (CI): 2, čistih citatov na avtorja (CIAu): 0.50, normirano št. čistih citatov (NC): 2, Scopus do 3. 7. 2013: št. citatov (TC): 2, čistih citatov (CI): 2, čistih citatov na avtorja (CIAu): 0.50, normirano št. čistih citatov (NC): 2]
kategorija: 1A2 (Z1, A1/2); uvrstitev: SCI, Scopus, MBP; tipologijo je verificiral OSICB
točke: 21.43, št. avtorjev: 4

ŽEMVA, Marjeta, MALOVRH, Špela, LEVART, Alenka, KOVAČ, Milena. Fatty acid composition of meat and adipose tissue from Krškopolje pigs and commercial fatteners in Slovenia. Archiv für Tierzucht, ISSN 0003-9438, 2010, vol. 53, št. 1, str. 73-84. [COBISS.SI-ID 2577544], [JCR, SNIP, WoS do 11. 2. 2014: št. citatov (TC): 2, čistih citatov (CI): 2, čistih citatov na avtorja (CIAu): 0.50, normirano št. čistih citatov (NC): 2, Scopus do 21. 1. 2014: št. citatov (TC): 3, čistih citatov (CI): 2, čistih citatov na avtorja (CIAu): 0.50, normirano št. čistih citatov (NC): 2]
kategorija: 1A3 (Z1); uvrstitev: SCI, Scopus, MBP; tipologijo je verificiral OSICB
točke: 18.14, št. avtorjev: 4

GORJANC, Gregor, KOVAČ, Milena, KOMPAN, Drago. Inference of genotype probabilities and derived statistics for PrP locus in the Jezersko-Solcava sheep. Livestock science, ISSN 1871-1413. [Print ed.], 2010, vol. 129, no. 2/3, str. 232-236. http://dx.doi.org/10.1016/j.livsci.2010.01.002, doi: 10.1016/j.livsci.2010.01.002. [COBISS.SI-ID 2571400], [JCR, SNIP, WoS do 5. 5. 2010: št. citatov (TC): 0, čistih citatov (CI): 0, čistih citatov na avtorja (CIAu): 0, normirano št. čistih citatov (NC): 0, Scopus do 16. 5. 2012: št. citatov (TC): 1, čistih citatov (CI): 1, čistih citatov na avtorja (CIAu): 0.33, normirano št. čistih citatov (NC): 1]
kategorija: 1A2 (Z1, A1/2); uvrstitev: SCI, Scopus; tipologijo je verificiral OSICB
točke: 31.85, št. avtorjev: 3

KOMPREJ, Andreja, GORJANC, Gregor, KOMPAN, Drago, KOVAČ, Milena. Covariance components by a repeatability model in Slovenian dairy sheep using test-day records. Czech Journal of Animal Science, ISSN 1212-1819, 2009, vol. 54, no. 9, str. 426-434. [COBISS.SI-ID 2496904], [JCR, SNIP, WoS do 2. 7. 2013: št. citatov (TC): 5, čistih citatov (CI): 4, čistih citatov na avtorja (CIAu): 1.00, normirano št. čistih citatov (NC): 4, Scopus do 10. 7. 2013: št. citatov (TC): 6, čistih citatov (CI): 3, čistih citatov na avtorja (CIAu): 0.75, normirano št. čistih citatov (NC): 3]
kategorija: 1A2 (Z1, A1/2); uvrstitev: SCI, Scopus, MBP; tipologijo je verificiral OSICB
točke: 22.27, št. avtorjev: 4

Temeljni viri in literatura

• Študijsko gradivo, aktualni znanstveni članki v povezavi s projektno nalogo. / Study material, topical scientific articles in connection with the project task.
• Gianola, d., Hammond K. 1990. Statistical Methods for Genetic Improvements of Livestock. Springer-Verlag, 534 str.