Skoči na vsebino
DomovPredmetiMolekulska in sistemska biologija

Molekulska in sistemska biologija

Vrsta predmeta: teoretični

Število kreditnih točk: 10

Semester izvajanja: Celoletni

Opis predmeta

Molekulska in sistemska biologija sta  temeljni naravoznanstveni vedi, ki se ukvarjata tako s celicami mikroorganizmov (bakterije, arheje, glive, alge, praživali) kot tudi živalskimi in rastlinskimi celicami na nivoju molekulskih mehanizmov, vloge in strukture različnih molekul in makromolekul, odzivov na različne dejavnike okolja in posledičnih sprememb (regulacija,  transkripcija, translacija in posttranslacijski mehanizmi). Raziskovanje je po eni strani usmerjeno v preučevanje normalno delujočih, neokvarjenih celic, po drugi strani pa v iskanje okvar, ki lahko vodijo do vzpostavitve bolezenskega stanja. V okvir molekulske in sistemske biologije spadata tudi področja genomike in metagenomike, ki obravnavata posamezno celico,  mikrobne združbe ali tkiva kot nosilce dedne  informacije, ki se potencijalno izrazi. Raziskave v okviru področja  torej obravnavajo tako posamezne celice, izbrane kot modelni organizmi, kot tudi  kompleksnejši nivo mikrobnih združb in tkiv, kar za razumevanje zahteva pristope, ki vključujejo modeliranje bioloških sistemov in sintezo pridobljenega znanja.  

V okviru predmeta bodo udeleženi izvajalci podrobneje seznanili študente z naborom spodaj navedenih tematik:

1.Molekulske osnove programirane celične smrti pri rastlinah v primerjavi z drugimi celicami, tako prokariontskimi kot evkariontskimi;

2. Prilagoditve ekstremofilnih mikrorganizmov na življenje v ekstremnih razmerah (npr. visoke ali nizke temperature, nizek ali visok pH, povečana slanost, tlak, radiacija) na nivoju makromolekul (proteini, nukleinske kisline, lipidi), v primerjavi z makromolekulami mezofilnih organizmov. Obravnavana  bo termodinamska stabilnost naštetih makormolekul,  s poudarkom na  termodinamski in kinetični stabilnosti proteinov pri  procesu zvitja in razvitja ter  vlogi nepravilno zvitih proteinov in amiloidov pri različnih boleznih (npr. Parkinsonova bolezen, prionske bolezni);

3. Poznavanje sinteze, procesiranja, transporta in razgradnje RNA. Poznavanje različnih nekodirajočih RNA (mikroRNA, snoRNA in lncRNA) molekul ter razumevanje njihovega delovanja na različnih nivojih regulacije izražanja genov. Biološke in bolezenske funkcije različnih družin RNA (mRNA, miRNA, snoRNA, siRNA).Predstavljena bo regulatorna premreženost RNA, ki verjetno v največji meri vpliva na kompleksne značilnosti organizmov in ima pomembno vlogo pri razvoju, pa tudi pri nastanku bolezni; 

4. Primerjava strukture in funkcije nekaterih klinično pomembnih peptidov (npr. insulini, inkretini…) in preučevanje mehanizma delovanja peptidnih agonistov in inhibitorjev ter njihova uporaba pri zdravljenju bolezni;

5.Poznavanje bioloških osnov rasti tumorjev, z opisom značilnih molekularnihi sprememb, kot molekularnimi tarčami za tarčna zdravila. Osnove genske terapije raka in njena uporabnost pri zdravljenju rakavih obolenj;

6. Spoznavanje genomike mikroorganizmov, s poudarkom na  splošnih razlikah med prokariontskimi in evkariontskimi genomi, načini določanja genomskih zaporedij, metodami primerjave genomskih zaporedij. S primeri iz prakse bodo ponazorjene analize, ki jih omogočajo sodobna bioinformatska orodja na področju genomike in primerjalne genomike.

7. Spoznavanje  biologije v post-genomskem obdobju, s poudarki na novih tehnologijah določanja nukleotidnega zaporedja, pristopi v metagenomiki, pristopi v metatranskriptomiki, genomiki posamezne celice, metagenomiki vodnih okolij, tal, sedimentov, človeka in  metaviriomi.  Področje tudi obsega uvod v Linux, sestavljanje in anotacijo prokariontskih genomov, analizo metagenomskih podatkovnih zbirk, sestavljanje in analizo metagenomske DNA;

8. Modeliranje v bioloških sistemih s spoznavanjem baz znanja, ki jih lahko uporabljamo,  tipi formalizmov in njihovo namembnostjo,  orodji za dinamično in strukturno modeliranje bioloških sistemov, pridobivanje eksperimentalnih podatkov za podporo modeliranju.

 

Cilji in kompetence

Študent se bo poglobil v ožjo raziskovalno področje, ki ga bo nadgrajeval v svoji doktorski disertaciji. Predmet ni namenjen ekstenzivnemu širjenju teoretičnega znanja, pač pa je cilj predstavitev določene problematike ter metod in pristopov, ki lahko pripomorejo k rešitvi znanstvenih problemov. Namenjen je tudi poznavanju predhodnih raziskav s področja bodoče doktorske disertacije študenta.

Med cilje predmeta spada posredovanje ključne znanstvene literature iz področja izbrane znanstvene tematike, vključno s posredovanjem lastnega raziskovalčevega znanja in pomoč pri analizi eksperimentalno pridobljenih podatkov.

 

Specifični cilji:

  • pridobivanje specialnih znanj s področja arhejske, bakterijske, glivne, živalske in rastlinske  celice,
  • poznavanje fizikalnih zakonitosti, ki določajo stabilnost bioloških makromolekul v ekstremnih razmerah, 
  • poznavanje različnih nekodirajočih RNA (mikroRNA, snoRNA in lncRNA) molekul in ter razumevanje njihovega delovanja na različnih nivojih regulacije izražanja genov,
  • razumevanje molekulskih mehanizmov delovanja klinično pomembnih peptidov. Razumevanje, da kemijske modifikacije naravnih peptidov lahko vodijo v nastanek biološko bolj učinkovitih molekul, ki so pomembne pri zdravljenju bolezni
  • razumevanje molekularnih mehanizmov in interakcijskih sistemov, ki so vpleteni v biogenezo, transport, delovanje in razgradnjo različnih družin RNA. Vpogled v bolezensko pomembne procese in načine zdravljenja.
  • razumevanje osnovnih značilnosti mikrobnih genomov in metod za njihovo analizo, Prepoznavanje možnosti za temeljna in uporabna spoznanja, ki jih nudi preučevanje genomov in omejitev tega pristopa (česar na podlagi genomskega zaporedja (še) ni mogoče ugotoviti)
  • pridobitev poglobljenega vpogleda v metagenomiko in raziskovalne možnosti, ki jih omogoča..
  • seznanitev s področjem sistemske biologije, vključno z metodološkimi pristopi v eksperimentalnem delu kot tudi v analizi podatkov ter modeliranju.

 

Metode poučevanja in učenja

Priprava in vodenje razprav o prebranih znanstvenih člankih, diskusije in konzultacije glede reševanja raziskovalnih problemov  z metodo razlage, razgovora, demonstracije, dela s teksti, učenja z informacijskimi viri, raziskovalno učenje..

Predstavitev praktičnega raziskovalnega problema in poteka njegove analize s sprotno predstavitvijo relevantnih znanj, ki so za proces potrebna.

Predvideni študijski rezultati

Zgoraj opisan pristop se mora odraziti v pravilnem načrtovanju raziskav in poskusov, ki vodijo k preiskusu hipotez zastavljenih v temi doktorske disertacije,

poznavanju izbrane raziskovalne tematike, sposobnosti razlage najpomembnejših  principov in interpretacije pridobljenih rezultatov.

 

Znanje in razumevanje:

razumevanje delovanja programov celične smrti pri rastlinah v primerjavi s programi celične smrti pri živalih in prokariontih,

razumevanje stabiliziranja makromolekul  ekstremofilnih mikroorganizmov,

razumevanje regulatorne premreženosti RNA, ki verjetno v največji meri vpliva na kompleksne značilnosti organizmov in ima pomembno vlogo pri razvoju, pa tudi pri nastanku bolezni,

razumevanje molekulskih mehanizmov, ki omogočajo delovanje peptidov v celicah in poznavanje uporabe peptidov pri zdravljenju bolezni,

razumevanje dinamike sinteze in procesiranja RNA ter

pomembnih funkcij različnih družin RNA,

razumevanje značilnosti mikrobnih genomov, različnih (osnovnih) pristopov v analizi genomskih zaporedij in različnih (osnovnih) pristopov v primerjavi genomskih zaporedij,

Razumevanje metagenomike kot porajajoče se znanost in kot raziskovalno orodje, pregled metodologije sistemske biologije in  sposobnost ugotavljanja primernosti različnih pristopov za reševanje specifičnih problemov modeliranja bioloških sistemov.

Reference nosilca

Kristina Sepčić

1. SKOČAJ, Matej, RESNIK, Nataša, GRUNDNER, Maja, OTA, Katja, ROJKO, Nejc, HODNIK, Vesna, ANDERLUH, Gregor, SOBOTA, Andrzej, MAČEK, Peter, VERANIČ, Peter, SEPČIĆ, Kristina. Tracking cholesterol/ sphingomyelin-rich membrane domains with the ostreolysin A-mCherry protein. PLOS ONE, 2014, v tisku.

2. LOKAR, Maruša, KABASO, Doron, RESNIK, Nataša, SEPČIĆ, Kristina, KRALJ-IGLIČ, Veronika, VERANIČ, Peter, ZOREC, Robert, IGLIČ, Aleš. The role of cholesterol-sphingomyelin membrane nanodomains in the stability of intercellular membrane nanotubes. International journal of nanomedicine, ISSN 1178-2013. [Online ed.], 2012, vol. 7, str. 1891-1902, ilustr. http://dx.doi.org/10.2147/IJN.S28723, doi: 10.2147/IJN.S28723. [COBISS.SI-ID 2548559]

3. GRANDIČ, Marjana, ARAOZ, Romulo, MOLGÓ, Jordi, TURK, Tom, SEPČIĆ, Kristina, BENOIT, Evelyne, FRANGEŽ, Robert. The non-competitive acetylcholinesterase inhibitor APS 12-2 is a potent antagonist of skeletal muscle nicotinic acetylcholine receptors. Toxicology and applied pharmacology, ISSN 0041-008X, 2012, vol. 265, no. 2, str. 221-228, doi: 10.1016/10.1016/j.taap.2012.09.024. [COBISS.SI-ID 3587706]

4. GRANDIČ, Marjana, ARÁOZ, Romulo, MOLGÓ, Jordi, TURK, Tom, SEPČIĆ, Kristina, BENOIT, Evelyne, FRANGEŽ, Robert. Toxicity of the synthetic polymeric 3-alkylpyridinium salt (APS3) is due to specific block of nicotinic acetylcholine receptors. Toxicology, ISSN 0300-483X. [Print ed.], 2013, vol. 303, no. 1, str. 25-33. http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0300483X12003654, doi: 10.1016/j.tox.2012.10.013. [COBISS.SI-ID 3598970]

5. REBOLJ, Katja, BAKRAČ, Biserka, GARVAS, Maja, OTA, Katja, ŠENTJURC, Marjeta, MAČEK, Peter, SEPČIĆ, Kristina, et al. EPR and FTIR studies reveal the importance of highly ordered sterol-enriched membrane domains for ostreolysin activity. Biochimica et biophysica acta, Biomembranes, ISSN 0005-2736. [Print ed.], 2010, vol. 1798, no. 5, str. 891-902. http://dx.doi.org/10.1016/j.bbamem.2010.01.016, doi: 10.1016/j.bbamem.2010.01.016. [COBISS.SI-ID 2185551]

6. BULC ROZMAN, Klara, ARAOZ, Romulo, SEPČIĆ, Kristina, MOLGÓ, Jordi, ŠUPUT, Dušan. Parazoanthoxanthin A blocks Torpedo nicotinic acetylcholine receptors. V: REINER, Elsa (ur.). 10th international meeting on cholinesterases : Šibenik, Croatia, 20th to 25th September 2009, (Chemico-biological interactions, ISSN 0009-2797, Vol. 187, IssueS 1-3, 2010). Amsterdam: Elsevier, 2010, vol. 187, issues 1-3, str. 384-387. http://dx.doi.org/10.1016/j.cbi.2010.03.016, doi: 10.1016/j.cbi.2010.03.016. [COBISS.SI-ID 2206799]

7. ZIDAR, Jernej, MERZEL, Franci, HODOŠČEK, Milan, REBOLJ, Katja, SEPČIĆ, Kristina, MAČEK, Peter, JANEŽIČ, Dušanka. Liquid-ordered phase formation in cholesterol/sphingomyelin bilayers : all-atom molecular dynamics simulations. The journal of physical chemistry. B, Condensed matter, materials, surfaces, interfaces & biophysical, ISSN 1520-6106, 2009, vol. 113, no. 48, str. 15795-15802. [COBISS.SI-ID 4303642

8. SKOČAJ, Matej, BAKRAČ, Biserka, KRIŽAJ, Igor, MAČEK, Peter, ANDERLUH, Gregor, SEPČIĆ, Kristina. The sensing of membrane microdomains based on pore-forming toxins. Current medicinal chemistry, ISSN 0929-8673, 2013, vol. 20, no. 4, str. 491-501, doi: 10.2174/092986713804910094. [COBISS.SI-ID 2710351]

9. BERNE, Sabina, LAH, Ljerka, SEPČIĆ, Kristina. Aegerolysins : structure, function, and putative biological role. Protein science, ISSN 0961-8368, 2009, issue 4, vol. 18, str. 694-706. http://www3.interscience.wiley.com/journal/122197599/abstract, doi: 10.1002/pro.85. [COBISS.SI-ID 4098586]

10. POHLEVEN, Jure, OBERMAJER, Nataša, SABOTIČ, Jerica, ANŽLOVAR, Sabina, SEPČIĆ, Kristina, KOS, Janko, KRALJ, Bogdan, ŠTRUKELJ, Borut, BRZIN, Jože. Purification, characterization and cloning of a ricin B-like lectin from mushroom Clitocybe nebularis with antiproliferative activity against human leukemic T cells. Biochimica et biophysica acta (G). General subjects, ISSN 0304-4165. [Print ed.], 2009, vol. 1790, no. 3, str. 173-181. http://dx.doi.org/10.1016/j.bbagen.2008.11.006, doi: 10.1016/j.bbagen.2008.11.006. [COBISS.SI-ID 1939791]

 

Nina Gunde –Cimerman

  1. TKAVC, Rok, AUSEC, Luka, OREN, Aharon, GUNDE-CIMERMAN, Nina. Bacteria associated with Artemia spp. along the salinity gradient of the solar salterns at Eilat (Israel). FEMS Microbiology Ecology, ISSN 1574-6941. [Online ed.], 2011, vol. 77, str. 310-321, doi: 10.1111/j.1574-6941.2011.01112.x. [COBISS.SI-ID 4025464]
  2.  TKAVC, Rok, GOSTINČAR, Cene, TURK, Martina, VISSCHER, Pieter T., OREN, Aharon, GUNDE-CIMERMAN, Nina. Bacterial communities in the 'petola' microbial mat from the Sečovlje salterns (Slovenia). FEMS microbiology, ecology, ISSN 0168-6496, 2011, vol. 75, issue 1, str. 48-62, doi: 10.1111/j.1574-6941.2010.00985.x. [COBISS.SI-ID 2313295]
  3. TURK, Martina, PLEMENITAŠ, Ana, GUNDE-CIMERMAN, Nina. Extremophilic yeasts : plasma-membrane fluidity as determinant of stress tolerance. Fungal biology, ISSN 1878-6146, 2011, vol. 115, no. 10, str. 950-958. http://dx.doi.org/10.1016/j.funbio.2011.04.006, doi: 10.1016/j.funbio.2011.04.006. [COBISS.SI-ID 2442319]
  4. LENASSI, Metka, ZAJC, Janja, GOSTINČAR, Cene, GORJAN, Alenka, GUNDE-CIMERMAN, Nina, PLEMENITAŠ, Ana. Adaptation of the glycerol-3-phosphate dehydrogenase Gpd1 to high salinities in the extremely halotolerant Hortaea werneckii and halophilic Wallemia ichthyophaga. Fungal biology, ISSN 1878-6146, 2011, vol. 115, issue 10, str. 959-970. http://dx.doi.org/10.1016/j.funbio.2011.04.001, doi: 10.1016/j.funbio.2011.04.001. [COBISS.SI-ID 2396495]
  5. FETTICH, Martin, LENASSI, Metka, VERANIČ, Peter, GUNDE-CIMERMAN, Nina, PLEMENITAŠ, Ana. Identification and characterization of putative osmosensors, HwSho1A and HwSho1B, from the extremely halotolerant black yeast Hortaea werneckii. Fungal genetics and biology, ISSN 1087-1845, 2011, vol. 48, issue 5, str. 475-484, doi: 10.1016/j.fgb.2011.01.011. [COBISS.SI-ID 28077785]
  6. SEPČIĆ, Kristina, ZALAR, Polona, GUNDE-CIMERMAN, Nina. Low water activity induces the production of bioactive metabolites in halophilic and halotolerant fungi. Marine drugs, ISSN 1660-3397, 2011, vol. 9, issue 1, str. 43-58, doi: 10.3390/md9010043. [COBISS.SI-ID 2320719]
  7. GOSTINČAR, Cene, TURK, Martina, PLEMENITAŠ, Ana, GUNDE-CIMERMAN, Nina. The expressions of [delta]9-,[delta]12-desaturases and an elongase by the extremely halotolerant Hortaea werneckii are salt dependent. FEMS yeast research, ISSN 1567-1356. [Print ed.], 2009, vol. 9, issue 2, str. 247-256, doi: 10.1111/j.1567-1364.2009.00481. [COBISS.SI-ID 25392345]
  8. GOSTINČAR, Cene, TURK, Martina, TRBUHA, Tina, VAUPOTIČ, Tomaž, PLEMENITAŠ, Ana, GUNDE-CIMERMAN, Nina. Expression of fatty-acid-modifying enzymes in the halotolerant black yeast Aureobasidium pullulans (de Bary) G. Arnaud under salt stress. Studies in mycology, ISSN 0166-0616, 2008, letn. 61, str. 51-59, doi: 10.3114/sim2008.61.04. [COBISS.SI-ID 25205465]
  9. VAUPOTIČ, Tomaž, VERANIČ, Peter, PETROVIČ, Uroš, GUNDE-CIMERMAN, Nina, PLEMENITAŠ, Ana. HMG-CoA reductase is regulated by environmental salinity and its activity is essential for halotolerance in halophilic fungi. Studies in mycology, ISSN 0166-0616, 2008, letn. 61, str. 61-66, doi: 10.3114/sim.2008.61.05. [COBISS.SI-ID 25205977]
  10. PLEMENITAŠ, Ana, VAUPOTIČ, Tomaž, LENASSI, Metka, KOGEJ, Tina, GUNDE-CIMERMAN, Nina. Adaptation of extremely halotolerant black yeast Hortaea werneckii to increased osmolarity : a molecular perspective at a glance. Studies in mycology, ISSN 0166-0616, 2008, letn. 61, str. 67-75, doi: 10.3114/sim2008.61.06. [COBISS.SI-ID 25205721]

Cene Gostinčar

  1. ZAJC, Janja, LIU, Yongfeng, DAI, Wenkui, YANG, Zhenyu, HU, Jingzhi, GOSTINČAR, Cene, GUNDE-CIMERMAN, Nina. Genome and transcriptome sequencing of the halophilic fungus Wallemia ichthyophaga : haloadaptations present and absent. BMC genomics, ISSN 1471-2164, 2013, vol. 14, str. [1-20], 617. http://www.biomedcentral.com/1471-2164/14/617/, doi: 10.1186/1471-2164-14-617. [COBISS.SI-ID 2916687].
  2. LENASSI, Metka, GOSTINČAR, Cene, JACKMAN, Shaun, TURK, Martina, SADOWSKI, Ivan, NISLOW, Corey, GUNDE-CIMERMAN, Nina, PLEMENITAŠ, Ana, et al. Whole genome duplication and enrichment of metal cation transporters revealed by De Novo genome sequencing of extremely halotolerant black yeast Hortaea werneckii. PloS one, ISSN 1932-6203, Aug. 2013, vol. 8, iss. 8. http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0071328, doi: 10.1371/journal.pone.0071328. [COBISS.SI-ID 30761177].
  3. BUH GAŠPARIČ, Meti, LENASSI, Metka, GOSTINČAR, Cene, ROTTER, Ana, PLEMENITAŠ, Ana, GUNDE-CIMERMAN, Nina, GRUDEN, Kristina, ŽEL, Jana, et al. Insertion of a specific fungal 3'-phosphoadenosine-5'-phosphatase motif into a plant homologue improves halotoleranceand drought tolerance of plants. PloS one, ISSN 1932-6203, Dec. 2013, vol. 8, iss. 12. http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0081872, doi: 10.1371/journal.pone.0081872. [COBISS.SI-ID 31021785]. [
  4. GOSTINČAR, Cene, GUNDE-CIMERMAN, Nina, TURK, Martina. Genetic resources of extremotolerant fungi : a method for identification of genes conferring stress tolerance. Bioresource technology, ISSN 0960-8524. [Print ed.], 2012, vol. 111, str. 360-367. http://dx.doi.org/10.1016/j.biortech.2012.02.039, doi: 10.1016/j.biortech.2012.02.039. [COBISS.SI-ID 2514255].
  5. GOSTINČAR, Cene, TURK, Martina, GUNDE-CIMERMAN, Nina. The evolution of fatty acid desaturases and cytochrome b5 in eukaryotes. The journal of membrane biology, ISSN 0022-2631, 2010, iss. 1-3, vol. 233, str. 63-72. http://dx.doi.org/10.1007/s00232-010-9225-x, doi: 10.1007/s00232-010-9225-x. [COBISS.SI-ID 2180431].  [
  6. GOSTINČAR, Cene, TURK, Martina, PLEMENITAŠ, Ana, GUNDE-CIMERMAN, Nina. The expressions of [delta]9-,[delta]12-desaturases and an elongase by the extremely halotolerant Hortaea werneckii are salt dependent. FEMS yeast research, ISSN 1567-1356. [Print ed.], 2009, vol. 9, issue 2, str. 247-256, doi: 10.1111/j.1567-1364.2009.00481. [COBISS.SI-ID 25392345].

Damjan Glavač

  1. HAUPTMAN, Nina, GLAVAČ, Damjan. Long non-coding RNA in cancer. International journal of molecular sciences, 2013, vol. 14, str. 4655-4669.
  2. HAUPTMAN, Nina, GLAVAČ, Damjan. MicroRNAs and long non-coding RNAs : prospects in diagnostics and therapy of cancer. Radiology and Oncology, ISSN 1318-2099, vol. 47, no. 4, 2013, str. 311-318.
  3. BOŠTJANČIČ, Emanuela, ZIDAR, Nina, GLAVAČ, Damjan. MicroRNAs and cardiac sarcoplasmic reticulum calcium ATPase-2 in human myocardial infarction : expression and bioinformatic analysis. BMC genomics, 2012, vol. 13, str. 1-14.
  4. ODAR, Katarina, BOŠTJANČIČ, Emanuela, GALE, Nina, GLAVAČ, Damjan, ZIDAR, Nina. Differential expression of microRNAs miR-21, miR-31, miR-203, miR-125a-5p and miR-125b and proteins PTEN and p63 in verrucous carcinoma of the head and neck.
  5. ZIDAR, Nina, BOŠTJANČIČ, Emanuela, GLAVAČ, Damjan, ŠTAJER, Dušan. MicroRNAs, innate immunity and ventricular rupture in human myocardial infarction. Disease markers,  2011, vol. 31, issue 5, str. 259-265.
  6. BOŠTJANČIČ, Emanuela, GLAVAČ, Damjan. Non-coding RNAs (ncRNAs) in non-small cell lung cancer (NSCLC). V: PASQUARIELLO, Lina (ur.). Non-small cell lung cancer : new research, (Cancer Etiology, Diagnosis and Treatments). Hauppauge: Nova Science Publishers, 2013, str. 77-106.
  7.  

Prof. dr. Nataša Poklar Ulrih

  1. ČRNIGOJ, Miha, PODLESEK, Zdravko, ZORKO, Mateja, JERALA, Roman, ANDERLUH, Gregor, POKLAR ULRIH, Nataša. Interactions of archaeal chromatin proteins Alba1 and Alba2 with nucleic acids. PloS one, ISSN 1932-6203, 2013, vol. 8, no. 2, str. 1-12, e58237, doi: 10.1371/journal.pone.0058237.
  2. ŠNAJDER, Marko, VILFAN, Tanja, ČERNILEC, Maja, RUPREHT, Ruth, POPOVIĆ, Mara, JUNTES, Polona, ČURIN-ŠERBEC, Vladka, POKLAR ULRIH, Nataša. Enzymatic degradation of PrPSc by a protease secreted from Aeropyrum pernix K1. PloS one, ISSN 1932-6203, 2012, vol. 7, no. 6, str. 1-12, e39548, doi: 10.1371/journal.pone.0039548. [COBISS.SI-ID 4107640]
  3. ŠUŠTAR, Vid, ZELKO, Jasna, LOPALCO, Patrizia, LOBASSO, Simona, OTA, Ajda, POKLAR ULRIH, Nataša, CORCELLI, Angela, KRALJ-IGLIČ, Veronika. Morphology, biophysical properties and protein-mediated fusion of archaeosomes. PloS one, ISSN 1932-6203, 2012, vol. 7, no. 7, str. 1-15, e39401, doi: 10.1371/journal.pone.0039401 [COBISS.SI-ID 4113016]
  4. GMAJNER, Dejan, AHLIN GRABNAR, Pegi, TUŠEK-ŽNIDARIČ, Magda, ŠTRUS, Jasna, ŠENTJURC, Marjeta, POKLAR ULRIH, Nataša. Structural characterization of liposomes made of diether archaeal lipids and dipalmitoyl-L-[alpha]-phosphatidylcholine. Biophysical chemistry, ISSN 0301-4622. [Print ed.], 2011, vol. 158, str. 150-156, doi: 10.1016/j.bpc.2011.06.014. [COBISS.SI-ID 3924088]
  5. ČRNIGOJ, Miha, HANZLOWSKY, Andrej, VILFAN, Tanja, POKLAR ULRIH, Nataša. Heterologous expression of the alba protein from the hyperthermophilic archaeon Aeropyrum pernix. Croatica chemica acta, ISSN 0011-1643, 2011, vol. 84, no. 4, str. 499-504, doi: 10.5562/cca1772
  6. POKLAR ULRIH, Nataša, GMAJNER, Dejan, RASPOR, Peter. Structural and physicochemical properties of polar lipids from thermophilic archaea. Applied microbiology and biotechnology, ISSN 0175-7598, 2009, vol. 84, str. 249-260, doi: 10.1007/s00253-009-2102-9. [COBISS.SI-ID 3640440]

 

Kristina Gruden

1. ROTTER, Ana, HREN, Matjaž, GRUDEN, Kristina, et al. Gene expression profiling in susceptible interaction of grapevine with its fungal pathogen Eutypa lata : extending MapMan ontology for grapevine. BMC plant biology, ISSN 1471-2229, 2009, vol. 9, no. 104, str. 1-14. http://dx.doi.org/10.1186/1471-2229-9-104, doi: 10.1186/1471-2229-9-104. [COBISS.SI-ID 2058319]

2. ROTTER, Ana, KRALJ NOVAK, Petra, BAEBLER, Špela, TOPLAK, Nataša, BLEJEC, Andrej, LAVRAČ, Nada, GRUDEN, Kristina. Gene expression data analysis using closed itemset mining for labeled data. Omics. , ISSN 1536-2310, 2010, vol. 14, no. 2, str. 177-186. http://dx.doi.org/10.1089=omi.2009.0126, doi:10.1089=omi.2009.0126. [COBISS.SI-ID 2210383]

3. MILJKOVIĆ, Dragana, STARE, Tjaša, MOZETIČ, Igor, PODPEČAN, Vid, PETEK, Marko, WITEK, Kamil, DERMASTIA, Marina, LAVRAČ, Nada, GRUDEN, Kristina. Signalling network construction for modelling plant defence response. PloS one, ISSN 1932-6203, 2012, vol. 7, no. 12, str. e51822-1e51822-18.http://ponta.ijs.si/mozetic/papers/Miljetal-signet-PlosONE-12.pdf, doi: 10.1371/journal.pone.0051822. [COBISS.SI-ID 26363431]

4. PODPEČAN, Vid, LAVRAČ, Nada, MOZETIČ, Igor, KRALJ NOVAK, Petra, TRAJKOVSKI, Igor, LANGOHR, Laura, KULOVESI, Kimmo, TOIVONEN, Hannu, PETEK, Marko, MOTALN, Helena, GRUDEN, Kristina. SegMine workflows for semantic microarray data analysis in Orange4WS. BMC bioinformatics, ISSN 1471-2105, 2011, vol. 12, no. 416, str. 416-1-416-16, doi: 10.1186/1471-2105-12-416. [COBISS.SI-ID 25208871]

5. RAMŠAK, Živa, BAEBLER, Špela, ROTTER, Ana, KORBAR, Matej, MOZETIČ, Igor, USADEL, Björn, GRUDEN, Kristina. GoMapMan : integration, consolidation and visualization of plant gene annotations within the MapMan ontology. Nucleic acids research, ISSN 0305-1048, 2013, 9 str, [in press], doi: 10.1093/nar/gkt1056. [COBISS.SI-ID 2966607]

6. LANGOHR, Laura, PODPEČAN, Vid, PETEK, Marko, MOZETIČ, Igor, GRUDEN, Kristina, LAVRAČ, Nada, TOIVONEN, Hannu. Contrasting subgroup discovery. The Computer journal, ISSN 0010-4620, sep. 2013, vol. 56, no. 3, str. 289-303, doi: 10.1093/comjnl/bxs132. [COBISS.SI-ID 26152487]

 

Aljoša Bavec

1. BAVEC, Aljoša. (Poly)peptide-based therapy for diabetes mellitus: Insulins versus incretins. Life Sci. 2014 Jan 8. pii: S0024-3205(14)00005-8. doi: 10.1016/j.lfs.2013.12.210. [Epub ahead of print]

2. BAVEC, Aljoša. Mono-ADP-ribosyltransferase as a potential pharmacological drug target in the GLP-1 based therapy of obesity and diabetes mellitus type 2. Acta chimica slovenica, ISSN 1318-0207. [Tiskana izd.], 2013, vol. 60, iss. 2, str. 237-242. 

3. DEŽELAK, Matjaž, BAVEC, Aljoša. Glucagon like-peptide-1 receptor is covalently modified by endogenous mono-ADP-ribosyltransferase. Molecular biology reports, ISSN 0301-4851, 2012, vol. 39, no. 4, str. 4375-4381, doi: 10.1007/s11033-011-1225-0. 

4. DEŽELAK, Matjaž, BAVEC, Aljoša. Third intracellular loop of glucagon like-peptide-1 receptor is coupled with endogenous mono-ADP-ribosyltransferase – Novel type of receptor regulation?. European Journal of Pharmacology, ISSN 0014-2999. [Print ed.], 2011, vol. 666, str. 35-42, doi: 10.1016/j.ejphar.2011.05.033. 

5. BAVEC, Aljoša. Constructing glucagon like peptide-1 receptor fused with derivatives of GFP for visualizing protein-protein interaction in living cells. Molecular biology reports, ISSN 0301-4851, 2010, issue 6, vol. 37, str. 2749-2755, doi: 10.1007/s11033-009-9813-y. 

6. BAVEC, Aljoša, LIČAR, Alenka. Functional characterization of N-terminally GFP-tagged GLP-1 receptor. Journal of Biomedicine and Biotechnology (Online), ISSN 1110-7251, 2009, št. 498149, str. 1-10, doi: 10.1155/2009/498149. 

 

Rogelj Boris

  1. Režen T, Kovanda A, Eiken O, Mekjavic IB, Rogelj B. 2014, Expression changes in human skeletal muscle miRNAs following 10 days of bed rest in young healthy males. Acta Physiologica (Oxf), [Epub ahead of print]
  2. Lee YB, Chen HJ, Peres JN, Gomez-Deza J, Attig J, Stalekar M, Troakes C, Nishimura AL, Scotter EL, Vance C, Adachi Y, Sardone V, Miller JW, Smith BN, Gallo JM, Ule J, Hirth F, Rogelj B, Houart C, Shaw CE. 2013, Hexanucleotide repeats in ALS/FTD form length-dependent RNA foci, sequester RNA binding proteins, and are neurotoxic. Cell Reports, 5:1178-1186.
  3. Rogelj B, Easton LE, Bogu GK, Stanton LW, Rot G, Curk T, Zupan B, Sugimoto Y, Modic M, Haberman N, Tollervey J, Fujii R, Takumi T, Shaw CE, Ule J. 2012, Widespread binding of FUS along nascent RNA regulates alternative splicing in the brain. Scientific Reports, 2:603.
  4. Bratkovic T, Glavan G, Strukelj B, Zivin M and Rogelj B, 2012, Exploiting microRNAs for cell engineering and therapy. Biotechnology Advances, 30:753-765.
  5. Tollervey JR, Curk T, Rogelj B, Briese M, Cereda M, Kayikci M, König J, Hortobágyi T, Nishimura AL, Zupunski V, Patani R, Chandran S, Rot G, Zupan B, Shaw CE and Ule J, 2011, Characterizing the RNA targets and position-dependent splicing regulation by TDP-43. Nature Neuroscience, 14:452-458.
  6. Vance C, Rogelj B, Hortobagyi T, De Vos KJ, Sreedharan J, Hu X, Wright P, Nishimura AL, Ganesalingam J, Tripathi V, Smith B, Ruddy D, Al-Saraj S, Al-Chalabi A, Leigh PN, Blair IP, Nicholson G, de Belleroche J, Gallo J-M, Miller CC and Shaw CE. Mutations in FUS, an RNA processing protein, cause familial amyotrophic lateral sclerosis type 6. Science, 323:1208-1211.

 

Marina Dermastia

  1. RIJAVEC, Tomaž, JAIN, Mukesh, DERMASTIA, Marina, CHOUREY, Prem S. Spatial and temporal profiles of cytokinin biosynthesis and accumulation in developing caryopses of maize. Annals of Botany, ISSN 0305-7364, 2011, vol. 107, no. 7, str. 1235-1245. http://dx.doi.org/doi:10.1093/aob/mcq247, doi: doi:10.1093/aob/mcq247. IF=4.03 [COBISS.SI-ID 2317391]
  2. BAR-DROR, Tal, DERMASTIA, Marina, KLADNIK, Aleš, TUŠEK-ŽNIDARIČ, Magda, POMPE NOVAK, Maruša, MEIR, Shimon, BURD, Shaul, PHILOSOPH-HADAS, Sonia, ORI, Naomi, SONEGO, Lilian, DICKMAN, Martin B., LERS, Amnon. Programmed cell death occurs asymmetrically during abscission in tomato. The Plant cell, ISSN 1040-4651. [Tiskana izd.], 2011, vol. 23, no. 11, str. 4146-4163, doi: 10.1105/tpc.111.092494. IF= 8.987 [COBISS.SI-ID 2469199]
  3. DERMASTIA, Marina, KLADNIK, Aleš, DOLENC KOCE, Jasna, CHOUREY, Prem S. A cellular study of teosinte Zea mays subsp. parviglumis (Poaceae) caryopsis development showing several processes conserved in maize. American journal of botany, ISSN 0002-9122, 2009, vol. 96, no. 10, str. 1798-1807. http://dx.doi.org/10.3732/ajb.0900059, doi: 10.3732/ajb.0900059. IF= 2.684 [COBISS.SI-ID 2075215]
  4. RIJAVEC, Tomaž, KOVAČ, Maja, KLADNIK, Aleš, CHOUREY, Prem S., DERMASTIA, Marina. A comparative study on the role of cytokinins in caryopsis development in the maize miniature1 seed mutant and its wild type. Journal of integrative plant biology, ISSN 1672-9072, 2009, vol. 51, no. 9, str. 840-849. http://dx.doi.org/10.1111/j.1744-7909.2009.00863.x, doi: 10.1111/j.1744-7909.2009.00863.x. IF= 3.75 [COBISS.SI-ID 2076239]
  5. KLADNIK, Aleš, CHAMUSCO, Karen, CHOUREY, Prem S., DERMASTIA, Marina. In situ detection of programmed cell death in the maize caryopsis. Periodicum biologorum, ISSN 0031-5362, 2005, no. 1, vol. 107, str. 11-16. IF= 0.219 [COBISS.SI-ID 1495631]
  6. KLADNIK, Aleš, CHAMUSCO, Karen, DERMASTIA, Marina, CHOUREY, Prem S. Evidence of programmed cell death in post-phloem transport cells of the maternal pedicel tissue in developing caryopsis of maize. Plant physiology, ISSN 0032-0889, 2004, letn. 136, str. 3572-3581. IF= 5.881 [COBISS.SI-ID 18475225]

 

Gregor Serša

  1. Markelc B, Tevz G, Cemazar M, Kranjc S, Lavrencak J, Zegura B, Teissie J, Sersa G. Muscle gene electrotransfer is increased by the antioxidant tempol in mice. Gene Therapy 2012; 19: 312-20.
  2.  Sedlar A, Kranjc S, Dolinsek T, Cemazar M, Coer A, Sersa G. Radiosensitizing effect of intratumoral interleukin-12 gene electrotransfer in murine sarcoma. BMC Cancer 2013; 13: 38. doi: 10.1186/1471-2407-13-38
  3. Prosen L, Prijic S, Music B, Lavrencak J, Cemazar M, Sersa G, Magnetofection: A reproducible method for gene delivery to melanoma cells. BioMed Res Int 2013; 2013: 209452. doi:10.1155/2013/209452
  4. Spanggaard I, Snoj M, Cavalcanti A, Bouquet C, Sersa G, Robert C, Cemazar M, Dam E, Vasseur B, Attali P, Mir LM, Gehl J. Gene electrotransfer of plasmid AMEP in disseminated melanoma: Safety and efficacy results of a phase I first-in-man study. Hum Gene Ther Clin Dev 2013; 24: 99-107. doi: 10.1089/humc.2012.240
  5. Bosnjak M, Prosen L, Dolinsek T, Blagus T, Markelc B, Cemazar M, Bouquet C, Sersa G. Biological properties of melanoma and endothelial cells after plasmid AMEP gene electrotransfer depend on integrin quantity on cells. J Membrane Biol 2013; 246: 803-19. DOI: 10.1007/s00232-013-9550-y
  6. Sedlar A, Dolinsek T, Markelc B, Prosen L, Kranjc S, Bošnjak M, Blagus T, Cemazar M, sersa G. Potentiation of electrochemotherapy by intramuscular IL-12 gene electrotransfer in murine sarcoma and carcinoma with different immunogenicity. Radiol Oncol 2012; 46: 302-11. doi: 10.2478/v10019-012-0044-9

Maja Čemažar

  1. Cemazar M, Jarm T, Sersa G. Cancer electrogene therapy with interleukin-12. Curr Gene Ther 2010; 10: 300-11.
  2. Cemazar M, Golzio M, Sersa G, Escoffre JM, Coer A, Vidic S, Teissie J. Hyaluronidase and collagenase increase the transfection efficiency of gene electrotransfer in different murine tumors. Hum Gene Ther 2012; 23: 128-37.
  3. Todorovic V, Sersa G, Cemazar M. Gene electrotransfer of siRNAs against CD146 inhibits migration and invasion of human malignant melanoma cells SK-MEL28. Human Gene Ther 2013; 20: 208-10. doi: 10.1038/cgt.2013.3. Epub 2013 Feb 1.; doi:10.1038/cgt.2013.3
  4. Dolinsek T, Markelc B, Sersa G, Coer A, Stimac M, Lavrencak J, Brozic A, Kranjc S, Cemazar M. Multiple delivery of siRNA against endoglin in murine mammary adenocarcinoma prevents angiogenesis and delays tumor growth. Plos One 2013; 8(3): e58723.
  5. Kamensek U, Sersa G, Cemazar M. Evaluation of p21 promoter for interleukin 12 radiation induced transcriptional targeting in a mouse tumor model. Mol Cancer 2013, 12: 136. doi:10.1186/1476-4598-12-136
  6. Todorovic V, Kamensek U, Sersa G, Cemazar M. Changing electrode orientation, but not pulse polarity, increases the efficacy of gene electrotransfer to tumors in vivo. Bioelectrochemistry 2014 accepted for publication

Temeljni viri in literatura

Novejši znanstveni pregledni in eksperimentalni članki s področja, druga učna gradiva in spodaj navedene knjige ter pregledni članki.

Recent review scientific and experimental papers, literature from the field, text books, and books and review articles listed below.

 

Knjige/Books:

1. Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis, 2nd edition, David W. Mount. Cold Spring Harbor Laboratory Press.

2. Edda Klipp , Wolfram Liebermeister , Christoph Wierling , Axel Kowald , Hans Lehrach , Ralf Herwig: Systems Biology, Wiley, 2009

3. Eberhard Voit A First Course in Systems Biology, Garland Science, 2012

4. Dermastia, Marina. Pogled v rastline. Ljubljana: Nacionalni inštitut za biologijo, 2010. 237 str., ilustr. ISBN 978-961-92543-4-9. pp 1-74.

4. Radiobiology for Radiologists. E Hall and Amato J. Gaccia, seventh edition, Wolters Kluwer and Lippincott, 2012The Basic Science of Oncology. Fofth edition, Tannock I, Hill R, Bristow R, Harrington L.  Mc Graw Hill 2013

5. Thermophiles: Biology and technology at high temperatures, Ed. F. Robb, G. Antranikian, D. Grogan, A. Driessen (2008). CRC Press, pp. 7-73.

 

 

Članki/Papers:

  1. Dinger ME. Long non-coding RNAS  in disease and development. Pathology. 2014 Feb;46 Suppl 1:S26.
  2. Uversky, V. (2011) Intrinsically disordered proteins from A to Z. International Journal of Biochemistry & Cell Biology 43, 1090-1103.

4. Baggio LL, Drucker DJ. Biology of incretins: GLP-1 and GIP. Gastroenterology. 2007 May;132(6):2131-57.

5. Zinman B. Newer insulin analogs: advances in basal insulin replacement. Diabetes Obes Metab 2013;15(Suppl. 1):6–10.

6. Bavec A (Poly)peptide-based therapy for diabetes mellitus: Insulins versus incretins. Life Sci. 2014 Jan 8. pii: S0024-3205(14)00005-8. doi: 10.1016/j.lfs.2013.12.210.

Bodi na tekočem

Univerza v Ljubljani, Fakulteta za elektrotehniko, Tržaška cesta 25, 1000 Ljubljana

E:  dekanat@fe.uni-lj.si T:  01 4768 411

Vprašajte nas