Opis predmeta
-strategije sekvenciranja NGS: primernost različnih tipov knjižnic in tehnologij sekvenciranja za različne cilje pri sekvenciranju bakteriofagov, genomov čistih kultur in metagenomov.
-klasična in hibridna sestava genomov/filtracija kontaminacije
-sestava metagenomov, klasifikacija odčitkov, metagenomske vrste
-preverjanje biološke koherence in taksonomske pripadnosti dobljenih sestav
-osnovna in napredna anotacija
-filogenomika in analiza rekombinacije
-poljubno iskanje različnih genetskih elementov po naboru genomov in strategije primerjav
Cilji in kompetence
– samostojna in pravilna zasnova projekta NGS za različne scenarije.
– kritična analiza dobljenih podatkov
– razumevanje delovanja združevalcev odčitkov in njihovih omejitev
– taksonomsko ovrednotenje združenih odčitkov genomov in metagenomov
– ustvarjanje in primerjava repertoarjev za študenta zanimivih genskih skupin iz nabora preučevanih genomov
Metode poučevanja in učenja
Seminar, ki teoretično uvede študenta v orodja, primerna za reševanje problema. Postavitev primernega okolja za reševanje problema in rešitev lepe pozitivne kontrole. Konzultacije tekom samostojne izvedbe.
Predvideni študijski rezultati
Uspešna obdelava problema, ki se dotika sekvenciranja NGS v sklopu doktorske naloge
Reference nosilca
Accetto, T., Avguštin, G. (2019) The diverse and extensive plant polysaccharide degradative apparatuses of the rumen and hindgut Prevotella species: A factor in their ubiquity? Syst. Appl. Microbiol. 42(2), 107–16, Doi: 10.1016/j.syapm.2018.10.001.
Accetto, T., Janež, N. (2018) The lytic Myoviridae of Enterobacteriaceae form tight recombining assemblages separated by discontinuities in genome average nucleotide identity and lateral gene flow. Microb. Genomics 4(3), Doi: 10.1099/mgen.0.000169.
Vidic, M., Smuc, T., Janez, N., Blank, M., Accetto, T., Mavri, J., Nascimento, I.C., Nery, A.A., Ulrich, H., Lah, T.T. (2018) In silico selection approach to develop DNA aptamers for a stem-like cell subpopulation of non-small lung cancer adenocarcinoma cell line A549. Radiol. Oncol. 52(2), 152–9, Doi: 10.2478/raon-2018-0014.
Janež, N., Peterka, M., Accetto, T. (2016) Complete Genome Sequences of Group III Campylobacter Bacteriophages PC5 and PC14. Genome Announc. 4(6), Doi: 10.1128/genomeA.01030-16.
Nograšek, B., Accetto, T., Fanedl, L., Avguštin, G. (2015) Description of a novel pectin-degrading bacterial species Prevotella pectinovora sp. nov., based on its phenotypic and genomic traits. J. Microbiol. Seoul Korea 53(8), 503–10, Doi: 10.1007/s12275-015-5142-0.
Accetto, T., Avguštin, G. (2015) Polysaccharide utilization locus and CAZYme genome repertoires reveal diverse ecological adaptation of Prevotella species. Syst. Appl. Microbiol. 38(7), 453–61, Doi: 10.1016/j.syapm.2015.07.007.
Temeljni viri in literatura
Pregledni in primarni članki s področja.
Bodi na tekočem
Univerza v Ljubljani, Fakulteta za elektrotehniko, Tržaška cesta 25, 1000 Ljubljana