Opis predmeta
– Bioinformacijske podatkovne zbirke: zaporedja nukleinskih kislin, proteinov, strukturne podatkovne zbirke, bibliografske podatkovne zbirke. Orodja za analizo zaporedij in struktur.
– Genomski projekti modelnih organizmov, primerjalna genomika, določevanje genov in regulatornih regij v genomih, SNP analize, genske mreže.
– Orodja v transkriptomiki in visoko-zmogljivostni genetiki.
– Bioinformacijska orodja v proteomiki in interaktomiki.
– Integrativna genomika.
– Aplikacije: bioinformatika v okoljski genomiki, farmakogenomiki.
– Ontologije in zbirke znanj v bioinformatiki.
– Bioinformacijski pristopi v kemogenomiki.
– Projektno delo s specifičnimi programskimi orodji med predavanji in v okviru seminarske naloge.
Predmet učimo na programih
Cilji in kompetence
Seznanitev s celotnim področjem bioinformatike in trenutnimi trendi v razvoju bioinformatike. Predmet daje študentu pregled nad celotnim področjem bioinformatike in ga uvaja v raziskovalno delo na glavnih toriščih raziskav v bioinformatiki.
Metode poučevanja in učenja
Predavanja, projektno delom, praktične vaje z računalniki.
Predvideni študijski rezultati
Znanje in razumevanje:
Študenti bodo spoznali specifična bioinformacijska orodja, njihove omejitve in potrebe po njihovem izboljšanju glede na razvoj raziskav v genetiki, genomiki, proteomiki, sistemski in strukturni biologiji ter v evolucijskih študijah. Študenti se bodo tudi seznanili z naravo podatkov v bioloških raziskavah in z najpomembnejšimi biološkimi podatkovnimi zbirkami ter njihovo uporabo.
Temeljni viri in literatura
– Jonathan Pevsner (2015) Bioinformatics and Functional Genomics, 3rd Edition, ISBN 9781118581780
– David W. Mount (2004) Bioinformatics. Sequence and Genome Analysis. Cold Spring Harbor Laboratory Press, USA, 2nd edition, ISBN 0879697121.
– pregledni in originalni znanstveni članki s širšega področja bioinformatike.
Bodi na tekočem
Univerza v Ljubljani, Fakulteta za elektrotehniko, Tržaška cesta 25, 1000 Ljubljana